旅パの構築において、多くのプレイヤーが躓くのが経験値の分散と努力値の偏りだ。道中のトレーナーをすべて倒しながら6体を均等に育てようとすると、肝心な大試練やぬしポケモン戦でレベル不足に陥る。
ストーリー攻略において最も避けるべきは「序盤ノーマルポケモンの抱え落ち」である。序盤の穴埋めとして捕まえたポケモンに経験値を吸わせ続けた結果、中盤以降の種族値インフレについていけなくなるケースが後を絶たない。主力として最後まで連れて行く4〜5体に絞り込み、経験値を集中投下するのが定石だ。
また、技構成において攻撃技ばかりを詰め込むのも危険な罠といえる。「あくび」「でんじは」「リフレクター」といった補助技を1〜2つ残しておくかどうかが、強烈な仲間呼びを行うぬしポケモン戦での勝率を劇的に変える。