「少しくらいのカビなら取り除けば食べられるだろう」と安易に考えるのは非常に危険だ。カビ類の一部は、人体に有害な二次代謝産物であるマイコトキシン（カビ毒）を産生することが知られている。厚生労働省や食品安全委員会が発行するファクトシートでも、カビ毒は加熱調理を行っても完全に失活・分解されないものが多く、急性中毒や長期的健康被害を引き起こす恐れがあると強く警鐘が鳴らされている。
青カビ（ペニシリウム属）の中にも、特定の毒素を生成する株が存在する。見えている青緑色の部分はカビの胞子や菌糸の集まりに過ぎず、目に見えない顕微鏡レベルの菌糸や糸状の毒素が、ぬか床の深部まで侵入しているリスクも否定できない。もし全体にカビが回っていたり、異臭・変色が床全体に及んでいる場合は、健康を守るために躊躇なく廃棄する決断も必要となる。
