艦これの開発システムでは、第1艦隊の旗艦（秘書艦）の艦種によって出現する装備カテゴリが厳格に決定されます。紫電改二を含む艦載機を開発する場合、秘書艦には必ず空母系（正規空母・装甲空母・軽空母）を配置しなければなりません。
戦艦や巡洋艦、駆逐艦などを旗艦にした状態では、いくら資材レシピを正しく設定しても紫電改二が出現することは絶対にありません。おすすめの秘書艦としては、加賀・赤城・瑞鶴・翔鶴などの正規空母や、改二改装を終えた主力軽空母が挙げられます。
なお、秘書艦の艦娘レベル（Lv）や司令部レベルについては、高レベルであるほど開発失敗（ペンギン）の確率が下がり、高レアリティ装備の出現率が安定する傾向にあります。特別な理由がない限り、Lv50以上の高練度空母を旗艦に据えて開発を行いましょう。
