本上まなみの家族構成は、夫、長女、長男の4人家族です。2002年12月に結婚した夫は、元マガジンハウスの伝説的編集者であり、雑誌『オリーブ』や『暮しの手帖』の編集長を歴任した映画プロデューサー・エッセイストの沢田康彦氏です。
結婚当時、本上まなみが27歳、沢田氏が45歳という「18歳差婚」は、芸能界でも大きな話題を呼びました。2人の出会いは、本上が短大時代から執筆していた雑誌の連載や文筆活動を通じて知り合ったことでした。読書家であり文学に深い造詣を持つ本上にとって、編集者として言葉を愛し、飄々としながらも温かな視線で物事を見つめる沢田氏は、単なるパートナーを超えた知的な理解者でした。
現在、子供たちも着実に成長を遂げています。
- 長女（2006年12月生まれ）：2026年現在は大学生の年代となり、幼少期から親しんだ京都の文化と両親の本棚に囲まれて自立した道を歩んでいます。
- 長男（2013年3月生まれ）：京都移住直前に誕生し、京都の自然と伝統行事の中で育った長男は、現在中学生となっています。
子供たちの学校選びについて、ネット上では「私立の名門校か、それとも京都大学付属校か」といった詮索が見られますが、夫妻は一貫してプライバシーを厳格に保護しています。ただし、彼女のエッセイからは、過剰な受験競争に巻き込むのではなく、地元の公立校やのびのびとした校風を持つ学校を選び、自然体験や読書、地域コミュニティとの触れ合いを優先した教育環境を選び取った様子が読み取れます。
