臭い玉の有無を決定づける最大の身体的要因が、扁桃腺の穴と臭い玉の関係です。口の奥を大きく開けたときに見える口蓋扁桃の表面には、「陰窩（いんか）」と呼ばれる無数の小さな窪みや裂溝が存在します。陰窩は体内に侵入してきたウイルスや細菌をキャッチし、免疫細胞にその情報を伝達する重要な生体防御フィルターの役割を担っています。
この陰窩の形状には大きな個人差があります。臭い玉がまったくできない人は、陰窩の開口部が小さく、奥行きが浅い構造をしています。そのため汚れが奥深くに停滞せず、通常の飲食や嚥下運動だけで細菌の死骸がスムーズに洗い流されます。
対照的に、扁桃の陰窩が大きい人の特徴を持つ喉では、陰窩がまるで複雑に入り組んだ洞窟やポケットのような形状になっています。過去に重い扁桃炎を患った経験がある人や、体質的に扁桃肥大の傾向がある人は、炎症の痕跡によって陰窩の入り口が広がり、深さも増してしまうケースが少なくありません。このポケット状の窪みに細菌叢が巣食い、プラークのように蓄積していくことが、臭い玉ができる原因と予防法を考える上での基礎知識となります。
さらに見逃せない要素が、口呼吸と唾液分泌量の低下です。鼻炎やアレルギー、歯並び、就寝時の筋力弛緩などが原因で日常的に口呼吸になっている人は、喉の粘膜が外気に晒されて常に乾燥状態に陥ります。唾液にはリゾチームやラクトフェリンといった強力な抗菌酵素が含まれており、陰窩の中を絶えず自浄する役割を果たしていますが、口呼吸によって唾液が蒸発すると細菌が爆発的に繁殖します。その結果、細菌の死骸が粘着質に凝集し、巨大な臭い玉へと急速に育ってしまうのです。
