物語は、万事屋の銀時が吉原から逃げ出してきたスリの少年・晴太（せいた）と出会うことから動き出します。晴太は、巨大な地下遊郭都市「吉原桃源郷」の最高峰花魁であり、自らの母親だと信じる日輪（ひのわ）を買い戻すため、必死に金を稼ごうとしていました。
吉原桃源郷は、幕府すら手を出せない治外法権の歓楽街。そこは宇宙最強の戦闘種族「夜兎族」の生ける伝説、夜王鳳仙（やおう ほうせん）によって支配され、女性たちが自由と太陽の光を奪われた籠の鳥として生きる常夜の街でした。
晴太のまっすぐな想いに突き動かされた銀時、新八、神楽の万事屋一行は、吉原の自警団「百華」の頭領である月詠（つくよ）と手を組み、日輪の救出と吉原の解放を目指して闇深き地下都市へと足を踏み入れます。
