ネット検索で「ヨーグルト はちみつ ダメ な理由」と入力するユーザーの多くが直面するのが、ヨーグルトはちみつ乳酸菌死滅の真相をめぐる論争です。はちみつには古くから傷口の消毒や喉の炎症緩和に使われてきた歴史があり、強力な抗菌・殺菌作用があることは広く知られています。ここから派生して「その殺菌力によってヨーグルトに含まれる生きたビフィズス菌や乳酸菌まで死んでしまうのではないか」という不安が生まれました。
生化学的な観点から検証すると、この懸念は明確な誤解です。はちみつが持つ抗菌作用の正体は、主に水分活性の低さによる高浸透圧と、グルコースオキシダーゼという酵素が生成するごく微量の過酸化水素、そして弱酸性（pH3〜4程度）の環境に起因します。はちみつ原液の内部では水分が極端に少ないため一般的な細菌は増殖できませんが、水分を約85%含むヨーグルトに混ぜ合わせた瞬間、浸透圧は大幅に薄まり、過酸化水素の濃度も菌を瞬時に滅菌できるレベルではなくなります。
ヨーグルトに生息する乳酸菌やビフィズス菌は、もともと酸性環境に適応した強い耐性を持っています。はちみつに含まれるグルコン酸や多様なオリゴ糖は、善玉菌を殺傷するどころか、腸内で菌の活性をブーストさせる「プレバイオティクス（エサ）」として機能します。プロバイオティクス（善玉菌そのもの）とプレバイオティクスを同時に摂取するアプローチは「シンバイオティクス」と呼ばれ、腸活における理想的な相互作用として定評があります。
殺菌成分「メチルグリオキサール（MGO）」を豊富に含む高級品について、マヌカハニーとヨーグルトの殺菌作用を心配する声も少なくありません。ニュージーランドの公的研究機関や各種抗菌性試験の知見によれば、MGOが強い作用を発揮するのは主に黄色ブドウ球菌やピロリ菌といった病原性細菌に対してです。常識的な食用範囲（小さじ1〜大さじ1杯程度）をヨーグルトに混入した場合、乳酸菌の生存率を壊滅させるような悪影響は確認されていません。
