事態を重く見たバニラ・エアは、報道直後の2017年6月中旬に木島氏へ直接面会して公式に謝罪しました。同社は「事前連絡がなかったとはいえ、ご不快な思いをさせ、身体的負担をおかけした」として運用手順の不備を認めました。
会社側は即座に対応策を講じ、事件発生からわずか数日後の6月14日には奄美空港へ階段昇降用の担架型補助具（アシストストレッチャー）を緊急導入。さらに同年6月下旬からは、電動式の階段昇降機を配備して車椅子利用者が安全に乗降できる環境を整えました。
また、国土交通省も迅速に動きました。国交省航空局はバニラ・エアに対して事実関係の詳細な聞き取り調査を実施。障害者差別解消法およびバリアフリー法の観点から、車椅子利用者を理由とした不当な制限を行わないよう口頭指導を行い、全国の航空会社に対しても車椅子搭乗時の安全確保と受け入れ体制の総点検を指示しました。
