学力面でのハードルの高さも受験生を恐れさせる理由の一つだ。毎年秋口に実施される防衛医科大学校医学科一般選抜は、国公立大学医学部を目指す全国の最優秀層が前哨戦として集結する。そのため、一次試験の段階で熾烈な足切りが行われ、模試における偏差値帯は67.5〜70.0に達する。
単に筆記試験が得意なだけでは合格の二文字は手に入らない。二次試験では厳格な身体検査と面接が行われ、有事の事態にも耐えうる精神力と身体適性が精査される。どれほど優秀な学力を持っていても、適性面で不合格となるケースがあり、難易度の高さに拍車をかけている。