京都駅ビルを訪れた人がまず息をのむのが、高さ約60メートル、長さ470メートルにおよぶ巨大なガラスと鉄骨の吹き抜け空間（アトリウム）です。設計を手がけた原広司氏は、この場所を単なる箱型駅舎ではなく、京都の街並みを垂直に立ち上げた「谷」として構想しました。
吹き抜けを見上げると広がるマトリックス状のガラス天井は、平安京の都市計画である「条坊制（碁盤の目）」を立体的に再現したもの。烏丸通の軸線を駅舎内部にまで引き込み、都市と建築がシームレスにつながる構造美を生み出しています。
西側にそびえる全171段（高低差約35メートル）の大階段は、室町小路広場から屋上の大空広場へと続く駅ビルの象徴です。約1万5000個のLEDが階段を彩る「大階段グラフィカルイルミネーション」は、毎日15:00から22:00まで点灯しており、季節ごとの特別演出や京都の伝統行事をモチーフにした光のショーが毎晩繰り広げられます。
さらに見逃せないのが、中央アトリウムの最上階（10階）に架かる空中径路（スカイウェイ）です。地上45メートルの空中トンネルからは、間近にそびえる京都タワーや市街地のパノラマを一望でき、無料で入場できる屈指のビュースポットとして知られています。
