コバルオンの色違いは、伝説ポケモンの中でも比較的変化が分かりやすい部類に入ります。通常色は名前の通り落ち着いたコバルトブルー（群青色）の体色をしていますが、色違い個体は鮮烈な青緑色（ターコイズブルー／エメラルドシアン）へと大きく変化します。
さらに細部を見ると、胸元の白い毛並みはそのままに、ツノや足先のアクセントカラー、関節部分の配色バランスがよりシャープに引き立ちます。戦闘に出た瞬間に放たれる光の粒子エフェクト（星形や菱形の輝き）はもちろんのこと、フィールド上やレイド画面でも一目で通常色との違いを確信できる視認性の高さが特徴です。
