選手個人への批判にとどまらず、指揮官である森保一監督のマネジメントや采配に対しても強い疑問の声が投げかけられました。最大の議論の的となったのが、ドイツ戦の先発メンバーから5人を入れ替えるターンオーバーを敢行した点です。
初戦で消耗した選手を休ませ、チーム全員の総力戦でグループステージを突破するという戦略的意図は明確でした。しかし、相馬勇紀、上田綺世、山根視来らを抜擢したスターティングメンバーは、立ち上がりから堅守を誇るコスタリカのブロックの外側でボールを回すばかりで、ペナルティエリア内に効果的な侵入ができませんでした。
前半をシュートわずか2本、枠内ゼロという消極的な内容で終えてしまい、ハーフタイムや後半の交代策で三笘薫や伊東純也を投入したものの、引いて待ち構える相手の守備組織を崩し切るには時間が足りませんでした。「最初からベストメンバーで勝ち点3を確実に奪いにいくべきだったのではないか」「交代カードの切り順が遅すぎた」という戦術的アプローチへの指摘は、国内外のメディアからも敗因の一つとして挙げられました。