カビを防ぐための内部クリーンだが、使い方を誤ると「逆にカビを撒き散らす」落とし穴が存在する。最もありがちな失敗が、内部クリーン作動中に「部屋が暑くなった」「風の音が気になる」と言って途中で運転をストップしてしまう行為だ。
内部クリーンは、前半の工程で内部に溜まった水分を浮き上がらせて蒸発させる。この途中で電源を切ってしまうと、湿度が最高潮に達した状態のまま密閉され、カビにとって最高の温床が完成してしまう。中途半端に止めるくらいなら、最初から最後までしっかりと乾燥させ切ることが鉄則だ。また、すでに黒カビがびっしりと発生してしまっている古いエアコンで内部クリーンを動かすと、胞気やニオイが部屋中に吹き出し、アレルギーの原因になることもある。内部クリーンはあくまで「カビの発生を予防する機能」であり、「ついてしまったカビを除去する機能」ではない点を理解しておく必要がある。