多くの観光客が訪れる奈良公園において、衛生環境の維持と鹿の健康管理は極めて重要な課題です。特に「糞の臭いや汚れ」に対する懸念は古くから存在しますが、公園内では独自の自然循環システムと関係機関の連携によって美観が保たれています。
公園の芝生に散らばる鹿の糞は、公園内に数多く生息する「糞虫（フンコロガシ類）」をはじめとする土壌生物によって迅速に分解され、良質な肥料として芝生へと還元されています。この自然のサイクルに加え、愛護会や自治体、ボランティア団体による早朝の清掃活動が日々行われています。
また、愛護会が公式に警鐘を鳴らし続けているのがプラスチックゴミの誤飲問題です。観光客が捨てたレジ袋や菓子袋に付着した食品の匂いに引き寄せられ、鹿が袋ごと飲み込んで胃の中で巨大な塊となり、衰弱死する事案が後を絶ちません。公園内へのゴミ放置は絶対に避け、持ち帰りを徹底することが共生の基本条件です。
