運行の数か月前から、宮内庁と警視庁警備部、そして鉄道事業者の間で幾度となく極秘協議が重ねられる。沿線の橋梁やトンネル坑口、全駅のホーム端には私服警官や鉄道警察隊が配置され、一切の不審物・不審者の接近を許さない体制が構築される。
興味深いのは、その警備が「目立たないこと」をも追求している点だ。通過する一瞬の安全を確保するため、列車の前方を走行する「露払い」的な役割の先行列車や、線路状態を最終確認する保線チェック作業が寸分の狂いもなく実行される。万が一の架線トラブルや車両故障に備え、バックアップ用の機関車や代替ルートの設定まで幾重もの安全網が張り巡らされている。
