いざ休業となると、直面するのが収入面の不安だ。会社からの命による出勤停止であっても、インフルエンザ感染は労働者側の私傷病（業務外の病気）にあたるため、労働基準法第26条の「会社都合による休業手当（平均賃金の6割支給）」の支払義務は原則として発生しない。給与の取り扱いは、個々の労働者がどの制度を選択するかによって変化する。
最も一般的な対応は、手持ちの年次有給休暇（有休）を消化することだ。これにより、欠勤による給与減額を回避できる。有休残数が少ない場合や入社間もない時期であれば、無給の特別病気休暇や欠勤扱いとなる。ただし、病気療養が連続して3日以上におよび、4日目以降も就労不能な状態が続く場合には、加入している健康保険から「傷病手当金」が支給される制度が用意されている。直近の標準報酬月額の約3分の2が補償されるため、長期化した際のセーフティネットとして機能する。
