陽子線治療を検討する上で最大のハードルとなるのが費用面です。陽子線治療の費用と自己負担は、治療対象となるがんの種類が「公的医療保険の対象」か「先進医療（または自由診療）」かによって天地ほどの差が生じます。
現在、公的医療保険が適用される疾患は段階的に見直されており、小児がんをはじめ、切除不能な骨軟部腫瘍、頭頸部悪性腫瘍（口腔・咽喉頭の扁平上皮がんを除く）、局所限局性の前立腺がん、肝細胞がん、肝内胆管がん、局所進行膵がん、大型の非小細胞肺がんなどが保険診療として認められています。保険が適用される場合、高額療養費制度を利用できるため、一般的な所得世帯であれば窓口での実質負担額は数万円から数十万円程度に抑えられます。
陽子線治療における2026年最新の保険適用拡大をめぐる議論も進展を見せていますが、依然として保険適用外となる部位では、照射技術料だけで約260万円から330万円前後が全額自己負担となります。これに加えて診察料や検査費用、入院費などが加算されます。民間のがん保険に付帯する「先進医療特約」に加入していれば技術料は全額補填されますが、未加入のまま先進医療として陽子線治療を受ける場合、家計に極めて重い打撃を与える結果となります。
