文部科学大臣をはじめとする国務大臣の報酬体系は、「特別職の職員の給与に関する法律」および「国会議員の歳費、旅費及び手当等に関する法律」に基づき厳格に定められています。
大臣としての月額給与（俸給）は約146万円ですが、国会議員としての歳費との二重取りは禁じられており、差額分が大臣手当として加算されます。期末手当（ボーナス）や各種手当を合算した名目上の大臣年収は約2,850万〜3,000万円規模です。
ただし、財政再建や身を切る改革の姿勢を示すため、2014年以降は内閣の申し合わせにより給与の一部（大臣本給の20%等）を国庫に自主返納する措置が継続されています。手取りベースでの実質年収は約2,200万〜2,400万円前後となり、専任の秘書官（事務担当・政務担当）2名や公用車、警護官（SP）の配備といった執務体制が保障されます。
