アニメイトビルの館内は、ジャンルごとに明確なフロアゾーニングが施されています。事前にアニメイト大阪日本橋のフロアマップの概要を頭に入れておくことで、目当ての商品へ最短でアクセスできます。
【1階：コミック・雑誌・書籍・オーディオビジュアル・ゲーム】
エントランスをくぐると、新刊コミックや話題のライトノベル、画集、専門誌が壁面いっぱいに並びます。フロア奥には声優・アニソン関連のCD、アニメBlu-ray/DVD、ゲームソフトのコーナーが広がり、最新作の大型パネル展示や試聴ブースが設置されています。
【2階：キャラクターグッズ・推し活アイテム・くじ】
階段またはエレベーターで2階へ上がると、人気アニメ・ソーシャルゲーム・VTuberなどのキャラクターグッズが圧倒的な密度で展開されています。アクスタ、缶バッジ、ぬいぐるみはもちろん、痛バッグ用シートや保護フィルムなどの「推し活サポートグッズ」も関西屈指の品揃えを誇ります。レジカウンターもこのフロアに大規模に配置されています。
さらに、隣接・近接区画にある「アニメイトO.N.SQUARE」などの催事スペースでは、期間限定のアニメイト大阪日本橋 オンリーショップやミュージアムが頻繁に開催されます。スタンディパネルの展示や限定特典の配布が行われるため、ファンにとっては見逃せないスポットです。
アニメイト大阪日本橋での予約受け取りを行う際は、CLUB animateのマイページまたは公式アプリに表示されるバーコードをレジで提示します。大型タイトルやCDの引き取りが集中する発売日前日（フラゲ日）の夕方はレジ列が長くなるため、画面の事前表示を済ませておくのがスムーズな受け取りの鉄則です。
