中禅寺湖遊覧船の基本航路は、「船の駅中禅寺」を発着点として湖を反時計回りに巡るルートです。標準的な一周の所要時間は約55分となっており、船上からは地上からアクセスしづらい「上野島（こうずけしま）」や、湖越しにそびえる男体山の雄大な山体を至近距離で眺めることができます。
2026年現在の通常運航ダイヤでは、4月下旬から11月末までのハイシーズン中、1日あたり約7〜9便（1時間間隔）で定期運航されています（初便は概ね9時30分頃、最終便は15時30分発前後）。運航ルート上の主要な寄港地は以下の通りです。
1. 船の駅中禅寺（メイン発着場）：
日光自然博物館や中禅寺温泉バスターミナルから徒歩圏内に位置する最大の拠点。大型船「けごん」「アストリア」が発着し、売店や待合スペースも充実しています。
2. 菖蒲ヶ浜 桟橋：
竜頭ノ滝へ徒歩約10分、キャンプ場に隣接する北岸の拠点。ここから戦場ヶ原や小田代原方面へのトレッキングへ向かう登山客・自然散策派にとって極めて重要な中継ポイントです。
3. 大使館別荘記念公園 桟橋：
かつて各国要人が愛したリゾート地である「英国大使館別荘記念公園」や「イタリア大使館別荘記念公園」へのアクセスに最適。歴史と異国情緒が漂う南岸エリアへ直接アプローチできます。
4. 立木観音 桟橋：
世界遺産・日光山輪王寺の別院である「中禅寺（立木観音）」の目の前に位置し、参拝と合わせた周遊に適しています。
また、例年6月上旬のクリンソウ開花時期など特定の季節には、通常航路では入らない西端の秘境「千手ヶ浜（せんじゅがはま）」へ向かう臨時便が特別運航される年もあり、季節限定の絶景ルートとして高い注目を集めます。
