本田圭佑夫妻の間には、現在3人の子供（長男・長女・次男）がいます。2013年6月、W杯出場権を獲得した直後に帰国した際、本田選手が空港で抱っこ紐を使い、生後間もない長男を抱えて登場したシーンは日本中で大きな話題となりました。
SNSやネット上では本田圭佑選手の家族写真を探す声が多く見られますが、夫妻は子供たちの安全と自主性を最優先に考え、顔写真や学校名などの個人情報は徹底して非公開にしています。本田選手の公式Instagram等で時折投稿される家族の日常風景でも、子供たちのプライバシーは完全に保護されています。
保育士としての専門知識を持つ美佐子さんの教育方針は、「自立心の育成」と「多言語でのコミュニケーション能力」に重点が置かれています。幼少期から世界各国の異文化に触れて育った子供たちは、日本語だけでなく英語を流暢に操るバイリンガル環境で成長しており、本田選手の「自分の頭で考え、行動する」という哲学が家庭内でも実践されています。
