花粉症の人がトマトに反応してしまう根本的な要因は、植物間に存在する交差反応（クロスリアクション）です。人間の免疫システムは、侵入してきた異物（抗原）の分子構造を極めて精緻に見分けますが、全く異なる植物であっても、生存に必要な基本タンパク質のアミノ酸配列が部分的に酷似している場合があります。
代表的な花粉とトマトの交差反応の関係性は以下の通りです。
1. スギ花粉・ヒノキ花粉との関連
日本人の国民病ともいえるスギ花粉症やヒノキ花粉症ですが、スギ花粉に含まれるアレルゲンタンパク質とトマトの果肉に含まれる成分には共通性があり、花粉症の重症化に伴ってトマトへの交差反応を示すケースが報告されています。春先の飛散ピーク時に「普段は何ともないトマトで口が痒くなる」という人が増えるのはこのためです。
2. シラカバ花粉・ハンノキ花粉（カバノキ科）との関連
北海道や東北地方、信州エリアに多いシラカバ花粉症では、PFASの発症率が極めて高いことが知られています。シラカバの主要アレルゲン「Bet v 1」や「プロフィリン」と類似したタンパク質がトマトにも含まれており、リンゴやモモと同様に強い口腔症状を引き起こす典型例となっています。
3. カモガヤ・ススキ・オオアワガエリ（イネ科花粉）との関連
初夏から秋にかけて飛散するイネ科花粉（カモガヤやススキなど）のアレルゲンも、トマトのタンパク質と高い親和性を持ちます。春のスギシーズンだけでなく、夏から秋口にかけてトマトを食べて喉がチクチクする場合、イネ科花粉症が潜んでいる可能性が濃厚です。
