阿寒湖での激突を経て、土方歳三の「アイヌの金塊を使って蝦夷共和国を再興する」という壮大な大義に共鳴した都丹庵士は、土方一派の極めて頼もしい主力として行動を共にしました。
そんな彼の最期が描かれたのは、物語のクライマックスである原作コミックス第29巻（第286話「ケソラプ」〜第288話「それぞれの役目」）における五稜郭の攻防戦です。
鶴見中尉率いる大日本帝国陸軍第七師団の精鋭部隊に対し、都丹庵士は五稜郭の夜陰に乗じて単身ゲリラ戦を展開。暗闇の中でエコーロケーションを駆使し、次々と兵士を葬り去っていきました。しかし、歴戦の指揮官である鶴見中尉は、都丹庵士の戦闘ロジック（音による索敵）を瞬時に見破ります。
第七師団は照明弾を連続で打ち上げ、さらに野砲や機関銃による無差別な連続掃射を開始しました。爆発音が聴覚を狂わせ、激しい光熱が周囲の空気を攪乱する中、都丹庵士の武器であったソナー空間は完全に破壊されます。それでも彼は退くことなく、仲間の時間を稼ぐために銃を撃ち続け、頭部を撃ち抜かれて壮絶な戦死を遂げました。自らの過去に決着をつけ、最後まで「戦士」として誇り高く散ったその最期は、多くの読者に深い涙と敬意を抱かせました。
