運行区間だけでなく、停車駅のパターンや所要時間の幅にも明確な違いがあります。
「はくたか」は、東京〜長野間は主要駅に停車し、長野〜金沢〜敦賀間においては基本的に各駅に停車するダイヤが中心です。富山・金沢・福井・敦賀の間にある中間駅（新高岡、倶利伽羅周辺の各駅、芦原温泉、越前たけふ等）を細かくカバーするため、地域間のきめ細かな足として機能します。
一方の「つるぎ」には、「各駅停車タイプ」と「速達タイプ」の2パターンが設定されています。
特急「サンダーバード」の最速便に接続する「つるぎ」の一部列車は、敦賀〜富山間で福井駅と金沢駅のみに停車し、中間の中小駅を通過するダイヤを採用しています。この速達型つるぎを利用した場合、敦賀〜富山間を約1時間前後、金沢〜富山間を約20分弱で駆け抜けます。
富山〜金沢〜敦賀間を移動する場合、各駅に停まる「はくたか」よりも、速達パターンの「つるぎ」に乗車したほうが数分〜十数分程度早く目的地に到着するケースが見られます。
