馬尾症候群において最も生命維持と生活の質（QOL）を脅かすのが、排尿および排便機能の障害です。馬尾神経叢には、膀胱や尿道、直腸の運動・感覚を司る「骨盤神経」「陰部神経」「下腹神経」が密集しています。
これらの神経が遮断されると、猫は「膀胱に尿がたまっている」という感覚を脳へ送れなくなり、自力で膀胱を収縮させて排尿する反射が消失します。その結果、膀胱がパンパンに膨張しても尿が出ない「尿閉（にょうへい）」に陥り、尿毒症や膀胱破裂を引き起こす極めて危険な状態を招きます。また、括約筋の緊張が失われて尿がだらだらと漏れ出る「溢流性尿失禁」や、巨大結腸症を併発するほどの重度な便秘・排便不能も引き起こされます。
臨床現場において、排泄障害を発症した猫のケアでは1日3〜4回の用手圧迫排尿（飼い主が下腹部を手で圧迫して尿を絞り出す処置）が必須となります。圧迫排尿を怠れば、わずか数日で急性腎不全を起こすリスクがあるため、獣医師から正確な手技指導を受けることが不可欠です。
