病気の公表後、柏木由紀は同年6月下旬に都内の専門病院へ入院し、患部への外科的アプローチを受けました。執刀したのは脊椎・脊髄外科の権威として知られる名医チームで、顕微鏡下で脊髄をミリ単位で慎重に処置する手術時間は約7時間以上に及びました。
手術内容は、脊髄を圧迫していた腫瘍を摘出し、溜まっていた液体を排出させて髄液の流れを正常化するという極めて高度な技術を要するものでした。無事に手術が成功した後は、集中治療室（ICU）を経て一般病棟へ移動し、早期退院と復帰を目指して直ちに関節の可動や歩行のリハビリテーションが開始されました。
入院中の様子について、彼女は後に自身のYouTubeチャンネルやインタビューで「術後は身体を動かすことすら激痛で、本当に元の生活に戻れるのか不安で涙が止まらない夜もあった」と率直な胸中を明かしています。しかし、ファンからの温かい励ましやスタッフの支えを力に変え、前向きな姿勢を崩さずリハビリに励み続けました。
