物語の主人公は、文学を専攻する真面目で純朴な女子大生のアナスタシア・スティール（愛称：アナ）。風邪を引いた親友の代わりに、巨大複合企業の若き最高経営責任者（CEO）であるクリスチャン・グレイへ学生新聞のインタビュー取材を行ったことから、2人の運命の歯車が大きく動き出します。
洗練された美貌、圧倒的な富と知性を兼ね備えながらも、どこか冷徹で謎めいた影を漂わせるクリスチャン。一方、これまで恋愛経験のなかったアナは、彼の強烈な引力に抗えず心奪われていきます。しかし、クリスチャンがアナに提示したのは、一般的な恋人関係ではなく、厳格な秘密保持契約と「支配者（ドミナント）」と「服従者（サブミシブ）」としての契約書でした。
彼が所有する高級ペントハウスの一室にある「プレジャールーム（赤い部屋）」へと足を踏み入れたアナは、クリスチャンの特異な性癖と、幼少期に負った深い心の傷に直面することになります。痛みを伴う支配関係の中で、アナは彼を愛によって変えようと模索し始めます。
