物語は、高校生の玄野計と小学校時代の親友・加藤勝が、線路に落ちた酔っ払いを助けようとして地下鉄に轢かれる凄惨な事故から始まります。死んだはずの2人が転送された部屋の中央には、不気味に鎮座する謎の黒い球体「ガンツ」がありました。
ラジオ体操のメロディとともに球体表面に浮かび上がった最初の指令こそが「ネギ星人」の抹殺です。表示された特徴には「ネギが好き」「くさい」「こどもと親がいる」「口ぐせ:ネギあげます」とシュールな文言が並び、強制転送された一般人たちは事態を飲み込めないまま夜の住宅街へと放り出されることになりました。
平和な日常から突如として異界の殺戮ゲームへと放り込まれる落差は、読者に強烈なサスペンスと緊張感を与え、サバイバルホラーとしての『GANTZ』の評価を不動のものにしました。