ドラッグストアの咳止め薬を正しく使い分けても効果が出ない場合、原因は「風邪の名残」ではなく、市販薬の守備範囲を超えた固有の疾患である可能性が極めて濃厚です。特に見落とされやすい3大原因が存在します。
筆頭に挙げられるのが咳喘息（Cough Variant Asthma）です。喘鳴（ゼーゼー、ヒューヒューという音）や呼吸困難は伴わず、唯一の症状がしつこい空咳であるため、多くの人が風邪の後遺症と誤解します。咳喘息の本態はアレルギー性の気道炎症（好酸球性炎症）であり、咳中枢を抑える一般的な鎮咳薬はほぼ無効です。気管支を拡張させ炎症を鎮める吸入ステロイド薬を用いた専門治療が不可欠であり、放置すると約30%が本格的な気管支喘息へ移行するとされています。
2つ目は、若年層や就学児を中心に周期的な流行を見せるマイコプラズマ肺炎です。マイコプラズマは細胞壁を持たない特殊な細菌であるため、風邪薬や一般的な抗菌薬（ペニシリン系やセフェム系）が作用しません。初期は発熱と倦怠感を伴いますが、解熱後も夜間を中心に激しい乾いた咳が3〜4週間以上にわたって持続します。市販薬の咳止めで一時的に誤魔化しても原因菌は死滅せず、胸部X線検査と適切なマクロライド系・テトラサイクリン系抗菌薬の処方が必要です。
3つ目は、内科的な盲点となりやすい逆流性食道炎（GERD）に伴う咳嗽です。胃酸が食道へ逆流することで食道粘膜の迷走神経が刺激され、反射的に気管支が収縮して咳が止まらなくなります。ネット上の健康相談コミュニティでも「咳止めを何種類も試したが効かず、胃酸抑制薬（PPI）を処方されたらピタリと止まった」という声が多数報告されています。横になった直後や食後に咳が悪化する場合、原因は肺ではなく胃にあるケースを強く疑う必要があります。
