タイトルに掲げられた「Z-A」という文字には、ファンが長年待ち望んだ伏線の回収が暗示されています。『ポケットモンスター X・Y』において、秩序を司る伝説のポケモン「ジガルデ（Z）」の完全な物語は本編内で語り尽くされず、アニメ版や『サン・ムーン』でのセル収集という形で分散していました。
今作において、ジガルデが都市の生態系バランスを監視する絶対的な守護者として君臨することは明白です。そして議論を呼んでいるのが「カロス地方 Aの意味」です。作中の歴史における「始まり（Alpha）」を指すのか、あるいは3000年前に最終兵器を稼働させた不老不死の王「AZ（エーゼット）」とその相棒フラエッテに関わる過去の因果なのか。
都市再開発という近代化の波が、太古のエネルギーや最終兵器の遺産と衝突するとき、ジガルデがどのパーセンテージの姿（10%、50%、パーフェクトフォルム）で主人公たちの前に立ちはだかるのか。重厚な伝承とSF的都市工学の融合が、プレイヤーに深い哲学的問いを投げかけます。
