がん治療において経済的負担は避けて通れない問題ですが、ハイパーサーミアは多くの適応疾患で公的医療保険の適用対象となっています。
保険診療の適用基準としては、脳腫瘍および眼球腫瘍を除く「深部悪性腫瘍」および「浅在性悪性腫瘍」が対象です。肺がん、胃がん、大腸がん、肝臓がん、膵臓がん、食道がん、乳がん、子宮がん、卵巣がん、前立腺がん、骨軟部肉腫など、代表的な固形がんの多くで保険診療が認められています。
ハイパーサーミアの費用体系は、診療報酬上「一連の治療」として算定されます。深部悪性腫瘍の場合、一連（通常5回〜8回程度の加温セッション）で9,000点（9万円分）の技術料が設定されています。3割負担の患者であれば、窓口での自己負担額は一連あたり約2万7,000円（初再診料や検査費用等を除く）となります。高額療養費制度の対象にもなるため、併用する抗がん剤治療等と合算して月額の上限額内に収めることが可能です。
