立体アイロンビーズ制作において、最大の難所であり醍醐味でもあるのがアイロン加熱処理だ。平面作品であれば両面をしっかり溶かして平坦に仕上げるのが一般的だが、立体の場合は「片面しっかり・反対面は軽め」という非対称な加熱テクニックが推奨される。
ジョイントの接合面となる裏側は、ビーズの穴の形が崩れない程度に軽くアイロンを当て、組み立てた際に外側から見える表面だけを均一に溶かして一体化させる。アイロンがけ直後の熱い状態のまま、厚手の本などでプレスして冷却することで、パーツの反りや歪みを完全に防ぐことができる。この一連の温度コントロールとプレス処理が、作品の完成度と強度を大きく左右する。