2002年9月の日朝首脳会談において、北朝鮮側は突如として拉致の事実を認めたものの、横田めぐみさんを含む8名について「死亡」と一方的に通告してきました。この時提示された死亡時期や経緯（うつ病による自死など）には当初から不自然な点が多く、日本側に深い疑念を抱かせました。
決定的な亀裂を生んだのが、2004年に北朝鮮から提供された「横田めぐみさんの遺骨」とされる骨の存在です。日本政府が国内の専門機関（帝京大学など）で詳細なミトコンドリアDNA鑑定を実施したところ、提出された遺骨から全くの別人のDNAが検出されたのです。これにより、北朝鮮の主張する死亡説は捏造であることが決定的となり、日本政府は「被害者は全員生存しているという前提」を崩していません。
その後も、脱北した元高官や情報機関関係者から「めぐみさんは朝鮮労働党の重要部署で特別な任務（暗号解読や特権階級への日本語教育）に関わっていた」「体制の最高機密を知りすぎたために存在を隠蔽されている」といった証言が幾度となく浮上しています。北朝鮮側の杜撰な偽装工作と相次ぐ生存情報は、彼女が今なお生きている可能性を強く示唆しています。
