フッ化水素の危険性は、一般的な「強酸による化学熱傷」の枠を大きく超えています。酸解離度自体は弱酸に分類されますが、分子サイズが極めて小さく電気的に中性な未解離分子が多いため、皮膚の角質層を容易に通過して生体組織の奥深く、骨にまで急速に浸透します。
組織内に侵入したフッ化物イオン（F-）は、人体の生命維持に必須なカルシウムイオン（Ca2+）やマグネシウムイオンと強力に結合し、不溶性の沈殿（フッ化カルシウム）を形成します。この反応が引き起こすのが、激しい骨の浸食と血中カルシウム濃度の急激な低下（低カルシウム血症）です。手のひらサイズの皮膚被曝であっても、適切な処置が遅れれば不整脈から心停止を招き、死に至る危険性があります。
歴史的な事故としては、2012年に韓国・亀尾（クミ）市の化学工場で発生したタンクローリーからのフッ化水素漏洩事故が知られています。作業員5名が死亡したほか、気化した有毒ガスが周辺地域に広がり、数千人の住民が健康被害を訴え、農作物や家畜に壊滅的な被害をもたらしました。
万が一、皮膚に付着した場合の応急処置は時間との戦いです。直ちに汚染された衣服を脱ぎ捨て、大量の流水で最低15分以上洗い流した後、フッ素イオンを捕捉する特効薬である「グルコン酸カルシウム水和物ゲル」を患部にすり込む必要があります。日本の法令上も毒物及び劇物取締法における「毒物」に指定されており、貯蔵場所の施錠、運搬時の厳格な基準、漏洩時の除害設備設置が厳しく義務付けられています。
