富士本栖湖リゾートの魅力は春の芝桜だけにとどまりません。夏の終わりから秋にかけて（8月下旬〜10月中旬頃）開催される「富士本栖湖リゾート 虹の花まつり」では、ジニア、サルビア、ルドベキア、ベゴニアなど、イエローやレッド、ブルーの鮮明な花々が一面に咲き乱れます。
春の芝桜がピンクを基調とした繊細なグラデーションであるのに対し、秋の花まつりは力強いコントラストが特徴です。冠雪が始まる初秋の富士山とレインボーカラーの花畑が共演する光景は、春とはまた異なる風情があり、混雑が比較的落ち着いた環境でゆったりと絶景を鑑賞したい大人旅にも適しています。
