中津城の歴史を紐解く上で見逃せないのが、目まぐるしく入れ替わった歴代城主の足跡です。天正16年（1588年）、豊臣秀吉の軍師として知られる黒田官兵衛（孝高）が豊前6郡を領して築城に着手しました。官兵衛は中津川の河口という地形を巧みに利用し、堀に海水を引き込む強固な水城を設計しました。
関ヶ原の戦い後、黒田氏が筑前福岡へ加増移封されると、細川忠興が入城して大規模な改修と城下町の整備を推進。その後、小笠原氏を経て、享保2年（1717年）に丹波福知山から奥平昌成が10万石で入封しました。以後、明治維新に至るまで約150年間にわたり奥平家が9代にわたって中津藩を治め、強固な藩政と高い文化水準を築き上げました。
現在見られる本丸の石垣には、黒田時代の野面積みと細川時代の打込接ぎが混在しており、時代の変遷をひと目で確認できる貴重な土木遺構となっています。
