舞台は南米インカ帝国を思わせる架空の王国。主人公のクスコは、18歳という若さで国を統治する極めて自己中心的で高慢な皇帝です。自分の機嫌を損ねた者は容赦なく窓から投げ捨て、自身の誕生日プレゼントとして、心優しい農夫パチャが暮らす丘の上の村を取り壊し、巨大な水上リゾート「クスコ・ランド(原語:Kuzcotopia)」を建設しようと企みます。
そんな独裁的な振る舞いに激怒したのが、長年国を裏で操ろうとしていた元相談役の魔女イズマでした。クスコにクビを言い渡されたイズマは、筋肉質の忠実な部下クロンクを使って皇帝の毒殺を謀ります。ところが、ドジなクロンクが毒薬と間違えて「ラマに変身する魔法の薬」を飲ませてしまったことから、クスコは人間の知性を保ったままラマの姿に変貌。袋詰めにされて城外へと運び出されたクスコは、偶然にもパチャの荷車に紛れ込み、彼が住む村へと流れ着きます。
人間の姿に戻って王座を奪還したいクスコと、村を守る約束を取り付けたいパチャ。正反対の2人は反発し合いながらも手を組み、イズマたちの追手をかわしながら王宮を目指す珍道中を繰り広げます。自分本位だったクスコが他者を思いやる心に目覚めていくヒューマンドラマと、全編に散りばめられたスピーディーなギャグ演出の融合こそが、本作最大の醍醐味です。