数々のメリットがある一方で、事前の理解不足が原因で「思っていたのと違った」というミスマッチを生みやすいポイントも存在します。快適な滞在を実現するために把握しておくべき主な注意点は3点あります。
第1に、天然温泉の男女入替スケジュールです。大浴場が1つのため、時間帯によって男性専用・女性専用が切り替わります。夜の混雑ピーク時（20時〜23時前後）に自分の性別の入浴時間とイベント終演時間が重ならない場合、帰館後すぐに温泉に入れないケースがあります。公式掲示板やエレベーター内のスケジュール表を確認し、入浴計画をあらかじめ組み立てておく必要があります。
第2に、スーパーホテル新横浜 駐車場 予約の難易度です。敷地内の駐車場は台数が極めて限定的（予約制）であり、週末やイベント日は瞬時に満車となります。車で訪れる場合は予約確定直後にホテルへ直接電話で確認するか、駅周辺の提携外コインパーキング（24時間最大料金設定のある駐車場）を事前リサーチしておくのが賢明です。
第3に、スーパーホテル新横浜 禁煙 喫煙部屋の選択と客室構造です。全館禁煙化が進む昨今ですが、喫煙可能ルームも一部設定されています。タバコの臭いに敏感な方は必ず「禁煙ルーム」を指定して予約してください。また、客室は12平米前後と機能性を極限まで高めたコンパクト設計です。キャリーケースを広げるスペースには工夫が必要となるため、広大なリゾート空間を求める方には不向きといえます。
