私生活における家族関係もまた、裁判と密接に結びついています。羽賀研二は2006年に一般女性と結婚し、2人の子どもをもうけましたが、前述の通り資産隠しを目的とした偽装離婚事件で元妻も法廷に立たされる事態となりました。
事件以降、元妻との関係は実質的に完全に破綻しており、現在は独身として生活を送っています。過去の公判では家族を守るための手段だったと主張したものの、裁判所からは悪質な財産隠匿と断じられ、結果として家庭を完全に崩壊させる結末を招きました。
現在、子どもたちとの定期的な接触があるかは明らかにされておらず、沖縄の地で単身、過去のしがらみを抱えながら暮らしていると伝えられています。
