本作の連載終了をめぐり、今なお語られるのが「打ち切り説」です。日本・中国・韓国のジュニア世代が激突した北斗杯編の結末において、主人公の進藤ヒカルが韓国代表の主将・高永夏（コ・ヨンハ）に惜敗し、「遠い過去と遠い未来をつなぐために──そのためにオレはここにいるんだ」というモノローグで物語が幕を閉じたことが、唐突な印象を与えたためです。
しかし、週刊少年ジャンプにおける連載終了の経緯を詳細に辿ると、不人気による打ち切りという噂は完全に誤りであることが分かります。当時、コミックスの累計発行部数は2500万部を突破しており、掲載順も常に上位を維持していました。
原作者の堀田由美先生は、インタビューなどで「藤原佐為が消えた時点で物語の大きな山場は越えており、北斗杯編はヒカルが佐為の意志と棋譜を未来へ繋ぐ存在になったことを示すエピローグ的な位置づけだった」という趣旨を明かしています。神の一手を極める途方もない旅路において、「次の世代へバトンを渡す」という根幹のテーマが描き切られたからこその完結でした。
