宇和島運輸フェリーを最も経済的に利用する鍵は、公式予約システムを通じたインターネット予約割引の徹底活用にあります。窓口で当日券を購入する正規運賃に対し、Web経由で事前予約を行うことで、旅客運賃および車両航送運賃に割引（通常期約5%〜10%引き）が自動適用されます。
マイカーを載せる車両航送運賃には運転手1名分の2等運賃が含まれていますが、同乗者の旅客運賃も含めてネット予約決済を完了させておくことで、当日は窓口の長蛇の列を回避し、専用のスマートチェックイン端末でスムーズに乗船手続きを完了できます。連休や盆暮れの繁忙期には乗船枠が早期に埋まるため、予約開始日（乗船日の2ヶ月前同日）を狙って手配するのが鉄則です。
また、往復利用を前提とした往復割引（復路1割引）や、学生割引、JAF会員優待など多彩な割引プランが用意されています。ただし、割引の重複適用はできないため、「Web割引」と「往復割引」のどちらが総支払額を抑えられるか、事前にシミュレーションを行うことが賢明な節約の裏ワザといえます。
