アクアブルー多摩の最大の魅力は、民間のレジャーランドを凌駕するコストパフォーマンスにあります。公営施設であるため、基本料金は非常に抑えられていますが、シーズンや利用時間帯に応じた細かなルール設定がなされています。
平時におけるアクアブルー多摩の料金は、大人（高校生以上）が620円、小・中学生および60歳以上のシニアが310円、未就学児は無料です。一般的な民間レジャープールが大人1日3,000円〜5,000円程度することを考慮すると、破格の水準を維持しています。ただし、年間パスポートや回数券（11枚綴り：大人6,200円）を活用することで、1回あたりのコストをさらに約9%削減することが可能です。
利用にあたって最も注意すべきは夏期（7月1日〜8月31日）の運用です。夏期は混雑緩和のため完全2時間制が敷かれ、2時間を超えて滞在した場合は1時間ごとに超過料金（大人300円、子ども150円）が加算されます。また、アクアブルー多摩の営業時間は通常期が火曜〜土曜9:00〜21:45（日祝は19:45まで）、夏期期間は毎日9:00〜19:45等に変動し、毎週火曜日（夏期を除く）が定期休館日となっています。公式スケジュールを事前に確認せず訪問して休館日に直面するケースが後を絶たないため、月ごとの施設保守点検日を含めた事前チェックを怠ってはなりません。
