いくらオンライン手続きを事前に済ませていても、保安検査場の混雑によって乗り遅れるケースが後を絶たない。連休や大型連休期間中の羽田や成田などの巨大ターミナルでは、保安検査場の通過だけで30分以上を要することがある。
出発時刻の20分前（国際線は30分前）までに保安検査場の通過端末に搭乗券をかざさなければ、自動的に予約が取り消される仕組みになっている。保安検査を通過した後も安心はできない。広い空港内では、保安検査場から指定の搭乗ゲートまで徒歩で10分以上かかる場所も存在する。搭乗口へは必ず出発時刻の10分前（国際線は20分前）までに到達していなければならない。
