急速な普及の一方で、当局の警戒感も急速に高まっている。金融庁および東京証券取引所は、超短時間での注文・キャンセルが繰り返されることによる「見せ板（スプーフィング）」類似行為や、過剰な流動性引き抜きが市場の健全性を損なう懸念について調査を開始した。
特に暗号資産市場においては、海外の無登録業者を介した超高頻度取引が個人投資家の資金を不当に吸収しているとの指摘も根強い。今後、一定規模以上のスクーバル型アルゴリズムに対して事前届出制やレバレッジ制限が課される可能性も取り沙汰されており、規制の動向からは目が離せない状況が続く。
