ウパー系統の色違いが持つ最大の魅力は、通常種とのコントラストの鮮明さと、進化に伴うエモーショナルなカラー設計にあります。原種とパルデア種、それぞれの色違いの特徴を整理しました。
原種ウパー（みず・じめんタイプ）の通常色は親しみのあるライトブルーですが、色違いになると鮮やかなピンク（マゼンタピンク）へと変貌を遂げます。頭部左右にあるエラ（角）のトゲ部分は通常時の紫色からオレンジ色へとシフトし、フィールド上でも圧倒的な存在感を放ちます。
一方、パルデアウパー（どく・じめんタイプ）の通常色は泥を連想させる落ち着いたブラウンですが、色違い個体は原種の水色を思わせる「青灰色（くすんだパープルブルー）」へと変化します。首元から突き出た骨のようなエラは淡いピンク色を帯びており、原種とパルデア種の歴史的な繋がりを感じさせる秀逸なカラーリングが施されています。
進化後の姿も見逃せません。原種ウパーが進化する「ヌオー」の色違いは、通常時の水色から気品のあるラベンダーパープル（薄紫）へと変わり、腹部の模様は淡いクリームイエローになります。パルデアウパーの進化形である「ドオー」の色違いは、通常時の焦げ茶色から深みのあるナス紺色（光沢のあるディープパープル）へと変化し、背中の模様や肉球が鮮やかなシアンブルーに染まるため、バトルシーンでも抜群の美しさを誇ります。
見落とされがちなポイントとして「オスメスによる外見差」が挙げられます。パルデアウパーには性別差がありませんが、原種ウパーは「オスのエラの枝分かれが左右2本ずつ（計4本）」「メスのエラの枝分かれが左右1本ずつ（計2本）」という明確な差異が存在します。色違いでもこの性別差は完全に反映されるため、コンプリートを目指すコレクターはオスメス両方の確保が必須条件となります。
