イカ大根は、正しく保存管理を行うことで冷蔵で約3〜4日、冷凍保存で約2週間のストックが可能です。ただし、保存方法を誤ると解凍時に大根の水分が抜けてスカスカのスポンジ状（すが入った状態）になり、食感が著しく損なわれます。
冷凍保存・作り置きを前提とする場合は、煮汁ごとジッパー付き保存袋に入れ、空気を完全に抜いて密閉するのが鉄則です。煮汁に浸しておくことで大根の乾燥と冷凍焼けを防ぎ、解凍後もみずみずしい食感を維持できます。解凍時は電子レンジの強加熱を避け、冷蔵庫での自然解凍またはボウルに張った水での流水解凍後、小鍋で弱火で温め直すことで、作りたてと遜色ないジューシーさが蘇ります。
