この神社の最大の特徴は、文字通り水の上に浮かんでいるように見えるそのロケーションにある。実は、社殿が建つ場所は周囲を池に囲まれた半島状の突き出た土地なのだが、湧き出る水の量が豊富であるため、まるで島全体が水面に浮いているかのような錯覚を覚えるのだ。
この池は、阿蘇の大地が長い歳月をかけて濾過した伏流水が、毎秒大量に湧き出ることによって形成されている。どんなに雨が降っても、あるいは日照りが続いても、池の水位がほとんど変わらないという。この不思議な自然のバランスこそが、何百年もの間、社殿を水害から守り続けてきた「奇跡の仕組み」なのだ。
