私生活では、2016年7月にTBSラジオのプロデューサーである水口康成氏と結婚。約10歳年上の頼れるパートナーとして知られ、社内結婚として祝福を受けました。2017年末には第1子となる男児を出産し、仕事と育児を両立するワーキングマザーとしての姿も共感を呼びました。
しかし、2026年7月に自身のSNSを通じて離婚を発表。離婚理由について林さんは「互いの目指す未来や生き方の変化」を挙げており、夫婦としての婚姻関係は解消したものの、子どもの父親・母親としてのパートナーシップは変わらず良好であることを明かしています。感情的な対立による別れではなく、お互いの人生とキャリアを尊重し合った末の「前向きな選択」でした。
