草津温泉には主に6つの主要源泉が存在しますが、同じ旅館内で異なる2つの源泉を引き、それぞれを掛け流しで引き湯している宿は決して多くありません。望雲の最大のストロングポイントは、肌あたりの異なる「西の河原源泉」と「万代鉱源泉」の双熱を、合計6つの湯処で余すところなく味わい尽くせる点にあります。
西の河原源泉は、pH2.1前後と酸性でありながら、草津の源泉群の中では比較的あたりが柔らかく、しっとりと肌を包み込むような質感が特徴です。一方、万代鉱源泉はpH1.6前後という強烈な強酸性を誇り、ピリッとした刺激と圧倒的な殺菌力、高い保温効果を持ちます。望雲では加水や循環を一切行わず、自然の恵みをそのまま湯船へと注いでいます。
大浴場は「遊山(ゆうざん)の湯」「万代の湯」「西の湯」に分かれており、時間帯による男女入れ替え制を採用しています。露天風呂から望む手入れの行き届いたしゃくなげ庭園は、春の花咲く季節から冬の雪見風呂まで、四季折々の表情を見せてくれます。実際の宿泊記ブログや温泉愛好家の間でも、「草津の刺激的な湯と柔らかな湯を一晩で交互に体験できるため、湯あたりしにくく何度でも浸かりたくなる」と極めて高い評価を得ています。