峠下総本店は、道南の主要幹線道路である国道5号線（赤松街道沿い）に位置しています。広大な駐車場を完備しているためレンタカーや自家用車でのアクセスが最も便利ですが、公共交通機関を利用するルートも確立されています。
北海道新幹線の終着駅である「新函館北斗駅」からの行き方は、車またはタクシーで約10〜15分（距離約6km）。新幹線を降りて道南観光をスタートする際、最初のグルメスポットとして立ち寄るのに最適なロケーションです。また、函館駅前や新函館北斗駅から運行されている函館バス（大沼公園方面行きなど）を利用し、「峠下」または「峠下総本店前」バス停で下車する方法もあります。
